El Doctorado constituye el tercer ciclo de los estudios en Teología Pastoral, y participa de la misma filosofía que el Bienio de Licenciatura, pero orientado a personas que quieran encaminarse hacia la docencia e investigación en cualquiera de los ámbitos de la Teología Pastoral. Es, por tanto, una etapa claramente investigadora en la que el alumno orienta sus esfuerzos hacia la elaboración y defensa de la tesis doctoral, acompañado por el Director de la misma. Con este fin, el programa de Doctorado incluye contenidos específicos de Teología Pastoral (cursos monográficos) y un conjunto de actividades orientadas a la capacitación investigadora, la comunicación de resultados de investigación, el trabajo colaborativo y actividades a realizar bajo la supervisión del Director de la Tesis.